Nimensä mukaisesti havannankoira on Kuubassa kehittynyt rotu.
Havannankoiran syntyperästä on monenlaisia teorioita. Loogisimpana
pidetään kuubalaisen kirjailijan Zoila Portuendo Guerran selitystä, joka
pohjautuu hänen tekemään laajaan tutkimukseensa, johon on läpikäyty
kirjallisuutta, niin faktaa kuin fiktiivistäkin kirjallisuutta. Guerra
oli Kuuban Habanero Clubin perustaja ja kuvaa kirjassaan Bichon Havanais tarkasti rodun syntyä.
Zoila Portuendo Guerran mukaan olisi ollut kahta lajia kuubalaisia
koiria. Ensin hänen mukaan oli nyt jo sukupuuttoon kuollut rotu Blankito de Havana,
joka kehittyi saarella Espanjan siirtomaavallan aikana 1500-1600
-luvuilla. Tämän rodun ajatellaan olevan jalostettu pienistä
bichon-tyyppisistä ja sylikoirista, joita tuotiin saarelle suoraan
Espanjasta sekä merirosvojen ja kauppiaiden salakuljettamana
kaupankäyntiä vauhdittamaan. Noihin aikoihin oli Euroopassa suurta
muotia yläluokan hienostorouvien keskuudessa omistaa pieni kaunis
sylikoira ja Kuuban hienosto omaksui saman tavan Blankiton kehittyessä.
Blankitot olivat pieniä, n.1,5-3kg painoisia puhtaan valkoisia koiria,
joilla oli erittäin silkkinen, pitkä ja kihara turkki.Palatessaan
takaisin vanhalle mantereelle tämä rotu sai runsaasti positiivista
huomiota. Britit kutsuivat sitä nimellä "White Cuban" ja myöhemmin
"Havana Silk Dog" viitaten pitkään, pehmeään turkkiin.
Havannankoirista tuli erittäin trendikkäitä Euroopassa ja ne saivat
villakoiralle tyypillistä asemaa Espanjan hovissa ja Ranskan Ludvig
XVI:n hovissa. Tiedetään myös, että Englannin Kunigatar Victorialla oli
kaksi havaneesia ja Charles Dickensillä yksi.
1800-luvun alkupuolella eurooppalaiset siirtolaiset asettuivat asumaan
Kuubaan, tuoden mukanaan omia sylikoiria, lähinnä erivärisiä villakoiria
Ranskasta, Belgiasta ja Saksasta. Näiden saadessa pentuja Blankitojen
kanssa syntyi hieman kookkaampi, eri värejä sisältävä rotu, joka nykyään
tunnetaan havanesena.
Havannankoiran tarkka syntyperä tulee todennäköisesti aina säilymään
hieman mysteerinä faktan, fiktion ja kansantarujen sekoituksena. Sen
sijaan tiedetään tarkkaan, että havaneset olivat Kuuban vauraan
yläluokan hemmoteltuja ja rakastettuja lemmikkejä. Kaikista suosituimpia
ne olivat pääkaupungissa Havannassa. Yläluokka piti mustasukkaisesti
kiinni yksinoikeudestaan näiden koirien omistajuuteen. Havaneset olivat
rakastettuja ja palvottuja kuin jalokivet. Ne olivat yleinen näky
huviloissa ja kartanoissa ja maatiloilla, mutta vain hyvintoimeentulevat
rouvat omistivat niitä. Ne elivät hemmoteltuina troopisten kotiensa
luksuksen ympäröiminä tai sisäpihoilla - niitä näki äärimmäisen harvoin
yleisillä kaduilla. Kerrotaan, että erityistapauksissa tai
sunnuntai-iltapäivisin rouvat ottivat pienet lemmikkinsä viereensä
istumaan mukaan ajelulle Havannan kaduille. Näinollen havaneseja
kutsuttiin myös nimellä Perritos de la Falda (hamekoira), koska
ne olivat niin pieniä, että pystyivät piiloutumaan omistajansa hameen
alle. Suosionsa aikana Kuubassa havaneset levisivät laajalle, mutta
niitä ei koskaan myyty. Pentueet suunniteltiin erittäin tarkasti ja
kallisarvoiset pennut lahjoitettiin kunnianosoituksina tärkeille
ystäville tai jollekin, joka oli tehnyt suuren palveluksen perheelle.
Yksi tunnetuimmista kuubalaisista kasvattajista oli Señora Catalina
Laza, varakkaan sokeriparonin vaimo. Monet hänen ystävistään olivat
onnekkaita vastaanottajia hänen anteliaisuudelleen.
Tämä ihastuttava rotu oli vähällä kuolla sukupuuttoon vuoden 1959 Kuuban
vallankumouksen myötä. Tuhannet ihmiset pakenivat saarelta pystyen
kuljettamaan mukanaan vain pientä määrää omaisuudestaan. Moni uskoi
palaavansa viikkojen tai muutamien kuukausien kuluessa ja uskoivat
rakastetut lemmikkinsä ystävän tai uskollisen palvelijan huostaan. Koska
havaneset yhdistettiin yläluokkaan, Kuubaan jääneille yksilöille ei
käynyt kovin hyvin; ajatellaan, että ne hävitettiin joko aktiivisesti
tai passiivisesti. Varmaksi tiedetään ainoastaan kolmen perheen ottaneen
koiransa mukaan Kuubasta paetessaan, mukaanlukien Perez ja Fantasio.
Nämä ja muutamat muut omistautuneet karkoitetut Costa Ricassa ja USA:ssa
uurastivat vuosien ajan säilyttääkseen rodun.
1960-luvulla Bert ja Dorothy Goodale Coloradosta etsivät kasvatukseen
pienikokoista, älykästä rotua, jolla on rauhallinen luonne. Vuosien
tutkimisen jälkeen viittaukset havaneeseihin kiinnitti heidän huomionsa.
Lehti-ilmoitusten perusteella he onnistuivat lopulta ostamaan kuusi
puhdasrotuista havanesea: emon ja 4 narttujälkeläistä ja erisukuisen
nuoren uroksen. Goodalet hurmaantuivat täysin koirien luonteesta ja
laittoivat uuden ilmoituksen espanjankielisiin lehtiin ja muutamaa
kuukautta myöhemmin tuli toinen läpimurto. Vanha kuubalaismies Ezekiel
Barba, joka oli Kuubasta paettuaan asunut Costa Ricassa, oli nyt
muuttamassa Texasiin tyttärensä luo ja heikentyneen terveytensä vuoksi
ei enää pystynyt huolehtimaan havaneselaumastaan. Hän luotti Goodalejen
hoivaan viisi havaneesiaan. Näin ollen Goodalet saivat kaksi uutta
sukuhaaraa, joita työstää. Molemmilla joukkioilla oli sama ulkonäkö ja
luonne. Perustuen koirien mukana tulleeseen tietoon niiden sukupuusta,
vuoden 1963 rotumääritelmään ja pitkäaikaiseen kokemukseensa
kasvattajana, Dorothy Goodale aloitti vuonna 1963 varovaisesti
jalostusohjelman estääkseen havaneesien kuolemisen sukupuuttoon.
Vuoteen 1991 asti kukaan ei ollut varma, oliko Kuubassa säilynyt elossa
havaneeseja. Perustettiin Bichon Habanero Club tutkimaan saarella
jäljellä olevia alkuperäisiä koiria varmistuakseen niiden
puhdasrotuisuudesta. Tarkan opiskelun ja harkinnan jälkeen aloitettiin
erittäin huolellisesti valvottu jalostusohjelma, jossa käytettiin n. 15
koiraa. Vuosien jälkeen havaneset ovat jälleen saavuttaneet suosiotaan
myös Kuubassa, tosin ei enää vain parempiosaisten koirana. Nykypäivänä
löytää suuria määriä havaneeseja niin pääkaupungista Havannasta kuin
maaseudun pienemmistäkin kaupungeista. Nykyään rotu onkin Kuuban
kansalliskoira.